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電子顯微鏡是根據(jù)電子光學(xué)原理，用電子束和電子透鏡代替光束和光學(xué)透鏡，使物質(zhì)的細微結(jié)構(gòu)在非常高的放大倍數(shù)下成像的儀器。
電子顯微鏡的分辨能力以它所能分辨的相鄰兩點的至 小間距來表示。20世紀70年代，透射式電子顯微鏡的分辨率約為0.3納 米(人眼的分辨本領(lǐng)約為0.1毫米)?，F(xiàn)在電子顯微鏡至 大放大倍率超過300萬倍，而光學(xué)顯微鏡的至 大放大倍率約為2000倍，所以通過電子顯微鏡就能直接觀察到某些重金屬的原子和晶體中排列整齊的原子點陣。
1931年，德國的克諾爾和魯斯卡，用冷陰極放電電子源和三個電子透鏡改裝了一臺高壓示波器，并獲得了放大十幾倍的圖象，證實了電子顯微鏡放大成像的可能性。1932年，經(jīng)過魯斯卡的改進，電子顯微鏡的分辨能力達到了50納 米，約為當時光學(xué)顯微鏡分辨本領(lǐng)的十倍，于是電子顯微鏡開始受到人們的重視。
到了二十世紀40年代，美國的希爾用消像散器補償電子透鏡的旋轉(zhuǎn)不對稱性，使電子顯微鏡的分辨本領(lǐng)有了新的突破，逐步達到了現(xiàn)代水平。在中國，1958年研制成功透射式電子顯微鏡，其分辨本領(lǐng)為3納 米，1979年又制成分辨本領(lǐng)為0.3納 米的大型電子顯微鏡。
電子顯微鏡的分辨本領(lǐng)雖已遠勝于光學(xué)顯微鏡，但電子顯微鏡因需在真空條件下工作，所以很難觀察活的生物，而且電子束的照射也會使生物樣品受到輻照損傷。其他的問題，如電子槍亮度和電子透鏡質(zhì)量的提高等問題也有待繼續(xù)研究。
分辨能力是電子顯微鏡的重要指標，它與透過樣品的電子束入射錐角和波長有關(guān)。可見光的波長約為300～700納 米，而電子束的波長與加速電壓有關(guān)。當加速電壓為50～100千伏時，電子束波長約為0.0053～0.0037納 米。由于電子束的波長遠遠小于可見光的波長，所以即使電子束的錐角僅為光學(xué)顯微鏡的1％，電子顯微鏡的分辨本領(lǐng)仍遠遠優(yōu)于光學(xué)顯微鏡。
電子顯微鏡由鏡筒、真空系統(tǒng)和電源柜三部分組成。鏡筒主要有電子槍、電子透鏡、樣品架、熒光屏和照相機構(gòu)等部件，這些部件通常是自上而下地裝配成一個柱體；真空系統(tǒng)由機械真空泵、擴散泵和真空閥門等構(gòu)成，并通過抽氣管道與鏡筒相聯(lián)接；電源柜由高壓發(fā)生器、勵磁電流穩(wěn)流器和各種調(diào)節(jié)控制單元組成。
電子透鏡是電子顯微鏡鏡筒中至 重要的部件，它用一個對稱于鏡筒軸線的空間電場或磁場使電子軌跡向軸線彎曲形成聚焦，其作用與玻璃凸透鏡使光束聚焦的作用相似，所以稱為電子透鏡。現(xiàn)代電子顯微鏡大多采用電磁透鏡，由很穩(wěn)定的直流勵磁電流通過帶極靴的線圈產(chǎn)生的強磁場使電子聚焦。
電子槍是由鎢絲熱陰極、柵極和陰極構(gòu)成的部件。它能發(fā)射并形成速度均勻的電子束，所以加速電壓的穩(wěn)定度要求不低于萬分之一。
電子顯微鏡按結(jié)構(gòu)和用途可分為透射式電子顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、反射式電子顯微鏡和發(fā)射式電子顯微鏡等。透射式電子顯微鏡常用于觀察那些用普通顯微鏡所不能分辨的細微物質(zhì)結(jié)構(gòu)；掃描式電子顯微鏡主要用于觀察固體表面的形貌，也能與 X射線衍射儀或電子能譜儀相結(jié)合，構(gòu)成電子微探針，用于物質(zhì)成分分析；發(fā)射式電子顯微鏡用于自發(fā)射電子表面的研究。
投射式電子顯微鏡因電子束穿透樣品后，再用電子透鏡成像放大而得名。它的光路與光學(xué)顯微鏡相仿。在這種電子顯微鏡中，圖像細節(jié)的對比度是由樣品的原子對電子束的散射形成的。樣品較薄或密度較低的部分，電子束散射較少，這樣就有較多的電子通過物鏡光欄，參與成像，在圖像中顯得較亮。反之，樣品中較厚或較密的部分，在圖像中則顯得較暗。如果樣品太厚或過密，則像的對比度就會惡化，甚至?xí)蛭针娮邮哪?量而被損傷或破壞。